The family Caulimoviridae comprises virus species that replicate by reverse transcription, and is composed by seven genera. Viruses classified within the genus Badnavirus are pathogens in economically important crops worldwide, and previous studies suggest a high genetic diversity in badnaviruses infecting cultivated hosts. To assess the genetic diversity of sugarcane-infecting badnaviruses, samples were obtained from a germplasm collection in Brazil in 2013. A total of 300 samples were collected, and PCR-analysis showed a badnavirus incidence level of 36 %. Partial sequences comprising the RT/RNaseH genomic region were obtained for 37 isolates. Sequence analysis showed the presence of at least six badnavirus species, with one being novel. The phylogenetic analysis showed that some sugarcane isolates are closely related to badnaviruses infecting banana (Musa spp.). KeywordsCaulimoviridae . Saccharum spp . Sugarcane bacilliform viruses The family Caulimoviridae comprises virus species that replicate by reverse transcription, and is composed of seven genera: Badnavirus, Caulimovirus, Cavemovirus, Petuvirus, Solendovirus, Soymovirus and Tungrovirus (Geering and Hull 2012). Viruses classified within the genus Badnavirus have bacilliform morphology, with particles measuring ca. 130×30 nm and containing a double-stranded DNA genome of 7.2-9.2 kb (Geering and Hull 2012). The demarcation of badnavirus species is based on host range, vector specificities and the determination of the nucleotide sequence of the RT/ RNaseH genomic region. The International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) has established a species demarcation threshold of ≥80 % nucleotide identity for the RT/ RNaseH region (Geering and Hull 2012). Badnaviruses are transmitted in a semi-persistent manner by mealybugs (Geering and Hull 2012) and can infect a wide range of economically important crops including sugarcane (Saccharum spp.; Lockhart and Autrey 1988), banana (Musa spp.; Geering et al. 2000), yams (Dioscorea spp.; Phillips et al. 1999) and pineapple (Ananas comosus; Gambley et al. 2008).

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RESUMOViroses causadas por vírus do gênero Badnavirus são responsáveis por grandes prejuízos à cultura do inhame no Nordeste brasileiro. O conhecimento da variabilidade destes patógenos pode fornecer informações importantes sobre seu potencial evolutivo, permitindo a elaboração de melhores estratégias de manejo da doença. A análise de 425 amostras foliares de inhame coletadas em três estados do Nordeste brasileiro, em 2010, revelou uma alta incidência (93,3%) de badnaviroses. Para avaliar a variabilidade genética dos badnavírus infectando inhame, um fragmento de 579 nucleotídeos correspondente à região codificante da transcriptase reversa (RT)/RNaseH dos isolados amostrados foi amplificada por PCR e sequenciada. A análise filogenética das sequências de nucleotídeos revelou que os isolados dividem-se em dois grupos. Um é altamente relacionado com Dioscorea bacilliform AL virus (DBALV), enquanto o outro forma um clado altamente divergente dentro do gênero Badnavirus. Os isolados de DBALV apresentam 70-98% de identidade nucleotídica entre si e foram detectados em todas as áreas avaliadas e em D. alata e D. cayennensis, as duas espécies de inhame mais cultivadas no Nordeste. Os isolados do outro grupo compartilham 47-58% de identidade com isolados de DBALV e 78-95% entre si e foram encontrados apenas em D. alata na Paraíba. Palavras-chave: Dioscorea bacilliform AL virus, RT/RNaseH, sequências endógenas. ABSTRACT Genetic variability of badnavirus isolates infecting yam (Dioscorea spp.) in northeastern BrazilDiseases caused by viruses of the genus Badnavirus are responsible for great losses in yam crops in northeastern Brazil. Knowledge of pathogen variability can provide important information about its evolutionary potential and may allow for development of better strategies for disease management. The analysis of 425 leaf samples of yam obtained in 2010 in three states of northeastern Brazil revealed a high incidence (93.3%) of badnaviruses. To evaluate the variability of yam-infecting badnaviruses, a 579-nucleotide fragment corresponding to the reverse transcriptase (RT)/RNaseH coding region was PCR-amplified and directly sequenced. Phylogenetic analysis of nucleotide sequences revealed that the isolates can be divided into two groups. The first group is highly related to Dioscorea bacilliform AL virus (DBALV), while the other set of sequences formed a highly divergent clade within the genus Badnavirus. The DBALV isolates have 70-98% nucleotide sequence identity with each other. DBALV was detected in all areas assessed and in the two most cultivated species of yam in the northeast (D. alata and D. cayanensis). The other group shares 47-58% nucleotide sequence identity with the DBALV isolates and 78-95% amongst themselves, and was found only in D. alata in the state of Paraíba. Key words: Dioscorea bacilliform AL virus, endogenous sequences, RT/RNaseH. O inhame (Dioscorea spp.) é uma cultura de importância econômica e social nas regiões tropicais, incluindo o nordeste do Brasil que produziu 38.256 toneladas em 2006(...

RESUMO O presente estudo teve como objetivo principal avaliar a influência de diferentes sistemas de irrigação na incidência e nas perdas ocasionadas pela virose mosaico-dourado na cultura do feijoeiro, causada pelo Bean golden mosaic virus (BGMV), gênero Begomovirus, família Geminiviridae. Foram avaliados três sistemas de irrigação (gotejamento, microaspersão e aspersão), instalados em faixas de 225 m 2 , numa área experimental localizada no Centro de Ciências Agrárias da Universidade Federal de Alagoas, Rio Largo, AL. Dentro de cada faixa foram delimitadas 12 parcelas de 1 m 2 , contendo 20 plantas em cada parcela. O experimento foi conduzido em duas safras: outubro de 2006 a janeiro de 2007 e outubro de 2007 a janeiro de 2008. A incidência do mosaico dourado foi avaliada pela inspeção visual de plantas sintomáticas, sendo as plantas assintomáticas testadas para a presença de begomovirus por PCR. Para avaliação da produção de grãos, quantificou-se o peso dos grãos maduros de todas as plantas, obtendo-se a média por planta em cada parcela. Verificouse que o sistema de irrigação por gotejamento e aspersão resultaram na maior (62,13%) e menor (16,74%) incidência da virose nos feijoeiros respectivamente. Não houve correlação entre a incidência do mosaico dourado e a produção de grãos nas parcelas. No entanto, a comparação da produção de grãos entre feijoeiros sadios e infectados evidenciou que, as plantas sadias tiveram uma produção cerca de três vezes maior que as plantas doentes.

O maracujazeiro é uma cultura de grande importância econômica nos países tropicais, destacando-se o Brasil como o maior produtor. No presente trabalho, é relatada a infecção de plantas de maracujazeiro por um vírus do gênero Begomovirus, família Geminiviridae, no município de Anadia, Estado de Alagoas. As plantas infectadas apresentavam sintomas de mosaico amarelo, redução drástica de crescimento e da área foliar. DNA extraído de plantas sintomáticas foi empregado como molde em PCRs, contendo os pares de primers PAL1v1978 e par1C496 ou PBL1v2040 e PCRc1 que direcionam, respectivamente, a amplificação de regiões de aproximadamente 1,2 kb do DNA-A e 0,6 kb do DNA-B, do genoma dos begomovírus. Fragmentos de tamanho esperado foram amplificados a partir de amostras de plantas sintomáticas, confirmando a infecção por Begomovirus. O seqüenciamento desses fragmentos está em andamento para uma definição precisa da espécie viral.