A análise da variabilidade genética de populações a serem utilizadas em programas de melhoramento genético é importante para a seleção de uma população base, a qual maximize a divergência genética entre as populações selecionadas. Duas populações cativas de Rhamdia quelen foram analisadas com marcadores microssatélites. Para a amplificação dos loci foram utilizados os seguintes primers marcados com fluoróforos: Pcor1 (FAM), Pcor2 (TET), Pc17 (HEX), Pc97 (TET) e Rh1 (FAM). Os cinco loci de microssatélites analisados apresentaram-se altamente polimórficos e informativos, com uma média de 9,8 alelos/locus. O coeficiente de endogamia (FIS) apresentou valores negativos, evidenciando que não houve cruzamentos consanguíneos. O teste de diferenciação alélica e genotípica entre as duas populações foi estatisticamente significativo, e o valor de divergência genética total (FST) foi de 0,01939, indicando baixo nível de divergência genética nas populações. A análise de variância molecular (AMOVA) demonstrou que a maior variabilidade genética se encontra dentro das populações (98,06%). Os marcadores microssatélites utilizados foram eficientes para a análise da estrutura e variabilidade genética das populações cativas de Rhamdia quelen. O manejo reprodutivo adotado mostrou-se adequado, uma vez que garantiu a manutenção da variabilidade genética das populações.

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